Existem quatro numerações oficiais da Pokédex, que variam conforme a Região e também apresentam na numeração espécies não vistas antes ou já vistas, em uma nova posição. A Pokédex Nacional é a mais importante do mundo Pokémon, pois cataloga todas as espécies do número 001 ao 493, onde os Pokémon descobertos mais recentemente ficam ao final. A Pokédex de Kanto mostra todos os 151 primeiros Pokémon da Pokédex Nacional na mesma ordem. A Pokédex de Johto acrescenta 100 novas espécies, vistas do número 152 ao 251 na Pokédex Nacional, mas reordena todas a numeração das espécies conhecidas. A Pokédex de Hoenn cataloga 202 espécies, onde 135 delas vêm dos números 252 a 386 da Pokédex Nacional, mais 67 espécies aparecidas antes. Por último, a Pokédex de Sinnoh têm 151 espécies catalogáveis, das quais 81 vêm das espécies de número 387 a 493 da Pokédex Nacional, mais 70 já catalogados antes. Além das numerações oficiais, a Pokédex também enumera Pokémon por peso, tipo e altura.
Cada Pokémon tem sua habilidade (em inglês, abilities), que provocam mudanças na batalhas ou fora delas. Existem habilidades que podem anular o dano de um ataque, provocar mudanças nos status do Pokémon (Attack, Defense, Sp. Attack, Sp. Defense e Speed) ou impor uma condição ao Pokémon na batalha. Alguns exemplos são as habilidades Levitate (levitação), onde o Pokémon com essa habilidade não leva o dano de ataques terrestres, e Arena Trap (armadilha na arena), onde Pokémon sem a habilidade Levitate e que não sejam do tipo voador não podem sair da luta até derrotar o oponente. Algumas espécies podem ter duas habilidades diferentes, mas não as duas ao mesmo tempo.
